野々市駅で交通事故に強い弁護士一覧

休業損害の基礎収入を、手取金額で計算されてしまったということですね。
通常、社会保険料等を控除せずに計算することが多いと思われますが、控除されてしまった理由はどこにあるのか、確認できていますか？
可能性としては、
①会社の休業損害証明書の書き方が悪かった
②相手方保険会社の担当者が出し渋っている
③その他のなんらかの理由

いずれであるかにより、有効な対策は変わります。
また、計算の基礎収入は、３か月平均とのことですが、これの計算方法も場合によっては変わります。
おそらくですが、ご質問の文章を拝見する限りでは、基本的な部分でよくわからないところがあると思いますので、弁護士特約に加入しているのであれば、弁護士に依頼か休業損害証明書を見せての面談相談をなさってはいかがでしょうか。
弁護士特約に加入していない場合でも、各種無料相談などもありますから、一度書類を見てもらうことをおすすめします。

「見積書をもらって、私が探した別の修理工場にもみてもらって正当ならその工場で修理をするという方法は交渉として不当にならないか、知りたいです。
」
の点については、不当にはなりませんし、むしろ通常の交渉ですから、ご心配は不要かと思います。

さて、双方同じ保険会社とのことで、少し不安になるのはよく分かります。
たまに、担当者も同じという現象もありますが、その場合はより不安が募りますね。
もし、ご自身の保険に弁護士特約が付いていましたら、交渉を弁護士に依頼することも可能かと思いますので、保険をご確認、依頼をご検討いただく方がよろしいかと思います。

まず、相談者様がお考えの「電話での謝罪と自宅からお詫びの品を送る形にしたい、」というのは、問題なくベターな方法だと思います。
被害者の方は相談者様が旅行中につき、事故現場と離れたところの人間だとわかっているかどうかで説明は少し変わりますが、直接謝罪に行けない点の御詫びもするとよいでしょう。
また、すぐに確認すべきは、当該レンタルサイクルの契約に、保険がついているかどうか、それ以外でもご自身の保険に賠償責任保険や付随する弁護士特約があるかなどを確認し、万が一相手がけがをしてお支払いが必要になったりした場合に、すぐに対応できるようにしておきましょう。
せっかくの旅行で、想定外の事態となり大変だとは思いますが、被害や影響を最小限に出来るようにしていくと良いでしょう。